Khrushchev sinh ngày 15 tháng Tư 1894 tại làng Kalinovka, một ngôi làng trong một bang hiện tại của nước Nga- bang Kursk Oblast, gần biên giới Ukraina. Bố mẹ của ông, Sergei Khrushchev và Xeniya Khrushcheva, là những nông dân nghèo người gốc Nga, và họ đã có thêm một người con gái Irina, sinh sau Khrushchev hai năm. Sergei Khrushchev đã làm một số việc trong khu vực Donbas, làm nhân viên đường sắt, thợ mỏ, công nhân nhà máy gạch. Mức lương của ông là cao hơn nhiều so với trong khu vực Kursk, và Sergei Khrushchev thường rời gia đình của ông ở Kalinovka, trở lại đó khi ông đã kiếm đủ tiền.

Kalinovka là một ngôi làng nông dân; giáo viên của Khrushchev, Lydia Shevchenko, về sau đã nói rằng cô chưa thấy ngôi làng nào nghèo như ngôi làng đó. Nikita đã làm việc như một đứa trẻ chăn gia súc từ nhỏ. Ông đã được học tổng cộng bốn năm, một phần trong trường học thuộc giáo khu của làng và một phần dưới sự giám hộ của Shevchenko trong trường học của Kalinovka. Theo hồi ký của Khrushchev, Shevchenko là một giáo viên có suy nghĩ tự do, người đã làm náo loạn người làng bởi việc không gia nhập nhà thờ, và khi anh trai cô tới thăm, người này đã cho học sinh những cuốn sách mà bị cấm bởi triều đình lúc đó. Cô đã thúc giục Nikita tìm kiếm việc học thêm nữa, nhưng điều kiện kinh tế gia đình không cho phép điều đó.

Năm 1908, Sergei Khrushchev di chuyển tới thành phố Donbas (nay là Donetsk, Ukraina); cậu bé 14 tuổi Nikita đi theo trong năm, trong khi Ksenia Khrushcheva và con gái đến sau. Yuzovka, tỉnh sau được đổi tên là Stalino năm 1924 và Donetsk năm 1961, lúc ấy là trung tâm của một trong những khu vực công nghiệp hóa nhất của Đế chế Nga. Sau khi cậu bé đã làm việc thời gian ngắn trong những cánh đồng, bố mẹ ông đã tìm cho ông một nơi làm việc mà ông đã học việc công nhân cơ khí, sau đó Khrushchev được thuê bởi một nhà máy. Ông đã mất việc khi thu gom tiền cho những gia đình nạn nhân của cuộc thảm sát Lena Goldfields, và được thuê để sửa chữa trang thiết bị đường hầm bởi một hầm mỏ gần Rutchenkovo, nơi cha ông là người tổ chức công đoàn, và ông đã giúp đỡ phân phát những bản sao và tổ chức đọc cho người dân tờ báo Pravda. Ông sau đó đã nói rằng ông đã cân nhắc di cư sang Mĩ để có mức lương tốt hơn, nhưng rốt cuộc đã không làm vậy.

Khi Thế chiến I bùng nổ năm 1914, Khrushchev đã được miễn nghĩa vụ quân sự bởi vì ông là một công nhân cơ khí có tay nghề cao. Ông đã được nhận làm bởi một xưởng lúc ấy đang cung cấp dịch vụ cho mười hầm mỏ, và ông đã có liên can tới nhiều cuộc đình công để yêu cầu tiền lương, điều kiện làm việc cao hơn, và kết thúc chiến tranh. Năm 1914, ông đã kết hôn với Yefrosinia Pisareva, con gái của một người điều khiển thang máy tại hầm mỏ Rutchenkovo. Năm 1915 và 1917, họ đã có con theo thứ tự là con gái Yulia và con trai Leonid.

Sau sự thoái vị của Sa hoàng Nicholas II năm 1917, Chính phủ Lâm thời Nga mới thành lập đã ảnh hưởng không đáng kể lên Ukraina. Khrushchev được bầu vào tổ chức công đoàn (hoặc xô viết) trong Rutchenkovo, và trong tháng Năm ông đã trở thành chủ tịch của nó. Ông đã không gia nhập vào Bolsheviks cho đến năm 1918, năm xảy ra Nội chiến Nga, giữa Bolsheviks và một liên minh tập hợp đối thủ của họ được gọi là Bạch vệ, đã bắt đầu nổ ra dữ dội. Người viết tiểu sử của ông, William Taubman, gợi ý rằng sự chậm trễ của Khrushchev trong việc gia nhập Bolsheviks bởi vì ông đã cảm thấy gần gũi hơn tới những người Mensheviks do họ đã ưu tiên phát triển kinh tế.Trong hồi ký, Khrushchev đã viết rằng ông đã chờ đợi bởi vì có nhiều nhóm, và rất khó khăn để lựa chọn.

Tháng Ba 1918, khi chính phủ Bolshevik đã quyết định ký một hiệp ước hòa bình với phe Trục, Đức đã xâm lược Donbas và Khrushchev đã chạy tới Kalinovka. Cuối 1918, đầu 1919 ông được huy động vào Hồng quân, làm việc với vị trí chính ủy. Vị trí chính ủy đã được đưa ra gần thời gian đó, khi Bolsheviks đã dựa vào ít hơn những đảng viên công nhân tích cực và dựa vào nhiều hơn những tân binh; chức năng của nó bao gồm việc truyền bá cho tân binh những lý thuyết của chủ nghĩa Bolsheviks, và thúc đẩy tinh thần và sự sẵn sàng chiến đấu cho binh lính. Khởi đầu với vai trò chính ủy để xây dựng một trung đội, Khrushchev đã được bổ nhiệm trở thành chính ủy tiểu đoàn và được gửi tới mặt trận cho một khóa học chính trị kéo dài hai tháng. Vị chính ủy trẻ tuổi đã nhiều lần dưới làn đạn. Năm 1921, nội chiến kết thúc, Khrushchev được giải ngũ và được bổ nhiệm làm chính ủy một đội lao động ở Donbas, nơi ông đã sống trong điều kiện nghèo khổ.

Những cuộc chiến tranh là nguyên nhân của sự tàn phá và nạn đói lan rộng, và một trong nạn nhân của đói kém và bệnh tật là vợ của ông, Yefrosinia, người đã chết do bệnh sốt ricketsia ở Kalinovka trong khi Khrushchev vẫn trong quân ngũ. Viên chính ủy đã trở lại đếm mai táng vợ mình, trung thành với những nguyên tắc Bolshevik của ông, ông đã từ chối cho phép quan tài vợ mình vào nhà thờ địa phương. Với chỉ một con đường vào nghĩa trang thông qua nhà thờ, ông đã nâng quan tài lên và cho qua hàng rào vào trong nghĩa trang, gây sự kinh hoàng cho ngôi làng.